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Um diesen Zustand zu ändern und "Bewegung" in die
Systembiologie zu bringen, haben Wissenschaftler der EML Research in
Heidelberg SABIO-RK entwickelt: Eine Datenbank mit Informationen zur
Kinetik biochemischer Reaktionen, die dem suchenden Wissenschaftler
Aufschluss über die Geschwindigkeit und die Bedingungen von Reaktionen
gibt, wie zum Beispiel die Temperatur oder den pH-Wert.
Die Datenbank SABIO-RK (System for the Analysis of
BIOchemical pathways- Reaction Kinetics) enthält Informationen über
die kinetischen Eigenschaften von biochemischen Reaktionen. SABIO-RK
ist die erste Datenbank weltweit, die auch die Formeln zu kinetischen
Gesetzen speichert. Kinetische Gesetze sind eine wichtige
Voraussetzung, um Computersimulationen durchführen zu können. Außerdem
bietet EML Research die Informationssuche und den Datenexport im
SBML-Format an, der Standardcomputersprache für die Systembiologie.
Die Datenbank liefert damit eine Basis für Simulationen unter
verschiedenen Bedingungen.
Sie ist web-basiert und steht allen
Wissenschaftlern, die mit Enzymen und Reaktionen arbeiten, zur
Verfügung. "Das Interesse bei Biologen und Biochemikern, die Modelle
erstellen möchten, ist sehr groß", berichtet Dr. Isabel Rojas,
Gruppenleiterin bei EML Research.
Der Nutzer kann nach einer speziellen Reaktion
suchen, zum Beispiel aus dem Zuckerstoffwechsel. Daraufhin kann er mit
Hilfe der gefundenen Information ein Modell in SBML erstellen und in
das Simulationsprogramm COPASI laden, das ebenfalls am EML
Research-Institut entwickelt wurde, gemeinsam mit einem US-Partner.
Das Heidelberger Forschungsinstitut hat seine
Erfahrung mit wissenschaftlichen Datenbanken aus dem BMBF-Projekt
"ELSA" in die Entwicklung von SABIO-RK eingebracht. Für die Datenbank
muss das Wissen aus Fachartikeln ausgewertet werden, die in PubMed
verzeichnet sind, einer der größten Datenbanken von wissenschaftlichen
Artikeln aus den Lebenswissenschaften. Seit gut einem Jahr werten
Biologie- und Biochemiestudenten die Fachartikel aus. Drei Kuratoren
prüfen die Informationen und geben die geprüften Daten in die
Datenbank ein. Bisher wurden mehr als 1600 Artikel ausgewertet, davon
enthielten rund 50 Prozent wichtige kinetische Daten, die in jetzt ca.
7500 Einträgen zu über 1900 Reaktionen und rund 300 Organismen in der
Datenbank gespeichert sind.
Langfristig soll SABIO-RK zu einer Enzyklopädie für
Reaktionskinetik werden und auch auf ausgefallene Fragestellungen
flexibel reagieren können.
SABIO-RK ist ein Projekt der EML Research und wird
hauptsächlich von der Klaus Tschira Stiftung unterstützt. Es wird
zusätzlich auch innerhalb des SYCAMORE-Projekts vom Bundesministerium
für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert. |
