Genom des Stickstoffproduzenten Anammox aufgeklärt
Das Erbgut, das eine Mikrobe zu einem der
wichtigsten Lieferanten von Stickstoff in der Atmosphäre macht, ist
aufgeklärt: In der Ausgabe der Zeitschrift nature vom 06. April
2006 publiziert ein europäisches Forscherkonsortium das überraschend
große Genom des Einzellers Anammox.
Prof. Dr. Hans-Werner Mewes, Direktor des GSF-Instituts für
Bioinformatik.
Foto: U. Baumgart
Bioinformatiker des GSF - Forschungszentrums
für Umwelt und Gesundheit in Neuherberg bei München gemeinsam mit dem
Lehrstuhl für Genomorientierte Bioinformatik der Technischen
Universität waren für Verarbeitung, Management und Interpretation der
Daten als Teil eines internationalen Konsortiums verantwortlich. Für
das Projekt mussten 260 Millionen Nukleotide sequenziert werden. Um
die rund 5.000 Gene aus den großen Datenmengen auslesen und
identifizieren zu können, entwickelte das GSF-Institut für
Bioinformatik eine spezielle Software. Die Analyse der Genfunktionen
erfolgte in Neuherberg und Weihenstephan.
Das Bakterium Anammox wurde erst vor rund zehn Jahren entdeckt. Sein
Name ist gleichzeitig Programm und steht für Anaerobe Ammonium
Oxidation: Der Einzeller baut in sauerstoffarmen Umgebungen Ammonium
und Nitrit zu gasförmigem Stickstoff ab. Anammox-Bakterien sind für
mehr als die Hälfte des Abbaus nährstoffreicher Stickstoffverbindungen
in den Ozeanen und die Freisetzung als Stickstoffgas in die Atmosphäre
verantwortlich. Anammox ist nicht kultivierbar, daher musste die
Sequenz aus einer Mischung von verschiedener Genome rekonstruiert
werden.
